בלוטות הרוק הגדולות (Parotid & submandibular glands) – דלקת כתוצאה מזיהום גורמת לנפיחות של הבלוטה וכאבים, בעיקר בעת או לאחר האוכל. לעיתים הדלקת גורמת להיצרות ולחסימה של הפרשת הרוק ולעיתים נוצרת אבן (לא על רקע זיהום) וגורמת לחסימה בהפרשת הרוק ובעקבות החסימה נוצרת דלקת. בכל מקרה, ישנה נפיחות ניכרת וכאבים. הטיפול הינו קומפרסים חמים ועיסויים עצמאיים, אנטיביוטיקה, שתייה מרובה ומציצת לימון המעודד ומגביר את הפרשת הרוק. לרוב הטיפול יעיל מאד. לעיתים האבן החוסמת אינה משתחררת ויש צורך בהוצאתה. הוצאת אבן יכולה להתבצע בשתי דרכים – ע"י כריתה של הבלוטה כולל הצינור עם האבן, או באופן אנדוסקופי דרך פתח הצינור בפה.
בלוטות לימפה צוואריות – כאשר ישנה בלוטת לימפה צווארית נפוחה ומוגדלת, יחידה ובודדה, באופן ממושך (יותר משבועיים), גם אם כואבת ורגישה וגם אם לא, יש צורך בברור. לעיתים הבלוטה מופיעה בעת מחלת חום או נזלת אך לאחר החלמה מהמחלה הבלוטה נשארת. לעיתים היא מופיעה ללא קשר למחלת חום או נזלת, עם או בלי תלונות נלוות. קודם כל יש צורך בבדיקת אא"ג וראש צוואר מלאה ובנוסף הדמיה עם אולטרא-סאונד. במקרים מסוימים יהיה צורך בניקור הבלוטה להוצאת חומר לבדיקה פתולוגית/זיהומית, וגם אז לעיתים אין זה יספיק ויהיה צורך בכריתת כל הבלוטה בניתוח, לצורך אבחנה פתולוגית מדויקת יותר.
מחלות של בלוטת התריס (Thyroid gland) – במחלות השונות מטפל האנדוקרינולוג. במידה ויש גידול בבלוטה – שפיר או ממאיר, או שהיא מוגדלת מאד ומפריעה בבליעה או בנשימה, או אפילו רק מפריעה מבחינה אסטטית – אז יש צורך בכריתתה בניתוח. פרוט בהמשך.
מחלות של בלוטות יותרת התריס (Parathyroid glands) – גם כאן האנדוקרינולוג הוא המטפל העיקרי, אך כאשר מתגלה אדנומה (הגדלה של אחת הבלוטות והגורמת לייצור יתר של ההורמונים), יש צורך בכריתת הבלוטה בניתוח. בד"כ מתגלה כתוצאה מערכי קלציום גבוהים בדם או בשתן, לעיתים אבנים בכליות, אוסטיאופורוזיס מוקדם או מתקדם – ונטייה לשברים בגפיים ביתר קלות. ערך ההורמון הנקרא PTH – גבוה מאד גם הוא, וזה מאושש את האבחנה. לעיתים הבעיה היא חלק מסינדרום הכולל תופעות נוספות באיברים אחרים בגוף ולכן חשיבות האבחנה כדי לטפל בכל מכלול הבעיה.
ציסטה מולדת – ציסטה תירוגלוסלית TGDC או ברנכיאלית Brabchial
שיתוק עצב הפנים (Bell's Palsy) – שיתוק של חצי פנים, יכול להופיע בדרגות שונות (בין 1 ל- 6 כאשר 1 זה תפקוד תקין ו- 6 זה שיתוק מלא וללא תנועה בכלל). שיתוק מסוג זה מאובחן רק לאחר שנשללה כל בעיה אחרת היכולה לגרום לשיתוק העצב – כמו דלקת באוזן תיכונה וסיבוכיה, טראומה, מחלה סיסטמית אחרת, זיהום חיידקי או של וירוס האבעבועות, או כחלק מסינדרום. בד"כ שיתוק זה נוצר על רקע בצקת בחלק מסוים בעצב וטיפול בסטרואידים עוזר בהחלמה. גם אם לא נטפל מעל 95% מהשיתוקים נעלמים או לפחות משתפרים. מאמינים שהבצקת נוצרת עקב זיהום בווירוס ההרפס סימפלקס (Herpes Simplex). לצורך האבחון הנכון חשוב מאד לוודא שאין תלונות נוספות למעט השיתוק – כמו ירידה בשמיעה, טנטון, סחרחורת, או פצעים על העור באזור האוזן, מחוצה לה או בתוכה. בעת שיתוק של עצב הפנים ישנה מגבלה בסגירת העין בצד המשותק (העין בעצם מאבדת את יכולת ההגנה שלה על עצמה כמו המצמוץ כשנכנס לתוכה חלקיק) ולכן חשוב לטפל בעין כדי שלא תפגע. כמו כן יכולים להופיע שינויים בטעם וברגישות לרעש.